UnityでEXEにするとエディター版に比べて動作が遅い場合の対処です。
うちではエディタでは30FPSぐらいのものが、EXEにすると5FPSぐらい？とかなり遅くなりました。やっていることは白画像を使ったフェードアウト表示ぐらいですので、プログラムが遅いというのはなかなか考えにくいです。
EXEにすると動作が遅い場合
動作を最適化する
まず元のプログラムは、EXE版にそなえて最適化しておきましょう。
例えば「Window＞Analysis＞Profiler」でプロファイラーを立ち上げてからエディタ内でゲームを実行します。
これにより、レンダリング、スクリプト、フィジックス（物理）、アニメーションのどれがどの場面で負荷がかかっているかがわかります。
それに応じて動作を軽くする処理をしておきます。
EXEの表示時間を早くする
プロジェクトセッティングでFixed Timestepの値を小さくし、処理頻度を上げます。
VSyncをオフる
プロジェクトセッティングのQualityで、Vsync countを「Don't sync」にします。
Vsyncはモニタのリフレッシュレートにあわせるものですが、固定ＦＰＳにしたい場合にはオフったほうがいいかもしれません。
ちなみにうちではVSyncが影響していたようで、オフで治りました。
参考
Resolved - Game runs in slow motion in build compared to editor. - Unity Forum
解像度をあわせる
エディタ内でのゲームプレビューと、EXE版で実行した場合のゲームの解像度が違うことでパフォーマンスに影響が出ることがあります。
プロジェクトセッティングのPlayerからEXEのフルスクリーンを解除。Windowedにして小さいウィンドウで動作をチェックしてみましょう。
Time.deltaTimeを使う
一般的にスクリプトによってモノを動かしたりする場合、PCの処理性能の差をうけないように「Time.deltaTime」を使います。
Time.deltaTimeは、ゲーム内の経過時間を表します。
